Правительством на ГИМС МЧС России возложены две основные задачи: осуществление государственного и технического надзора за маломерными судами и базами (сооружениями) для их стоянок и их пользованием во внутренних водах и в территориальном море Российской Федерации; обеспечение в пределах своей компетенции безопасности людей на водных объектах.

Для решения указанных задач ГИМС МЧС России осуществляет следующие функции:

организует в пределах своей компетенции надзор и контроль за выполнением требований по обеспечению безопасности и охраны жизни людей на базах (сооружениях) для стоянок маломерных судов, пляжах, переправах и наплавных мостах;
участвует в разработке правил классификации маломерных судов;
организует контроль за соблюдением правовых актов, регламентирующих порядок пользования маломерными судами, базами для их стоянок, пляжами, переправами и наплавными мостами.
осуществляет классификацию, государственную регистрацию, учет, первичные и ежегодные технические освидетельствования и осмотры судов, присвоение им бортовых номеров, выдачу судовых билетов и иных документов на зарегистрированные суда;
разрабатывает типовые программы обучения и осуществляет прием экзаменов по судовождению, правилам пользования и навыкам управления маломерными судами, водными мотоциклами (гидроциклами), аттестацию судоводителей и выдачу им удостоверений на право управления судном;
ведет реестр зарегистрированных судов и учет выдаваемых удостоверений на право управления судами, регистрационных и иных документов, необходимых для допуска судов и судоводителей к плаванию;
устанавливает и вносит в судовой билет обязательные условия, нормы и технические требования по пассажировместимости, грузоподъемности, предельной мощности
и количеству двигателей, допустимой площади парусов, району плавания, высоте волны, при которой судно может плавать, осадке, минимальному надводному борту, оснащению спасательными и противопожарными средствами, сигнальными огнями, навигационным и другим оборудованием;
проводит проверки судов на соответствие техническим нормативам выбросов в атмосферный воздух вредных (загрязняющих) веществ;
осуществляет учет аварий и происшествий с маломерными судами;
осуществляет производство по делам об административных правонарушениях в пределах своей компетенции;
представляет сведения в налоговые органы о зарегистрированных, состоящих на учете и снятых с учета судах и лицах, на которых зарегистрированы эти суда;
участвует в формировании технических регламентов и технических требований;
устанавливает с учетом местных условий ограничения в режимах пользования судами по мощности и количеству двигателей, площади парусов и скоростям движения.

Каждое судно ГИМС, участвующее в контроле на воде, имеет отличительный знак на лобовом стекле - эмблему ГИМС МЧС России и на флагштоке - вымпел. Если контроль на воде осуществляется с привлечением внештатных инспекторов (институт которых образован в ГИМС МЧС России), то такое судно должно нести на лобовом стекле эмблему внештатного инспектора.